想要保證實驗室凍干機使用的效果，選購合適的設備也很重要，設備的面積大小選擇也可以說成容量大小的選擇。實驗室凍干機容量應根據企業生產的規模或實驗的需要來選擇。用戶應根據自己的生產量來決定需要選擇哪種類型的實驗室凍干機，可通過計算來確定某些數據。
使用盤裝法和瓶裝法的面積不一定相同。盤裝法充分利用了板層的面積，而瓶裝法由于瓶之間的間隙未充分利用，所需的板層面積較大。
如果使用盤裝法，每盤的裝載高度為20mm，則200kg（L）的液體所需的板層面積為：
A（面積，m2）=V（容積，m3）/H(高度，m)；
即需選用的板層面積為10m2的實驗室凍干機，再查一下10m2的實驗室凍干機的冷凝器的結冰量是否能承受200kg(L)的能力，如果滿足要求，就可以選用該種型號的實驗室凍干機。
如果使用瓶裝法，使用的瓶子為國產的青霉素瓶，每瓶內的裝量為5ml。
首先要計算每批所需的瓶子總量：
N(瓶子數目)=V(總裝量ml)/V(每瓶的裝量ml)；
然后計算凍箱的板層面積：A（面積m2）=a(每瓶占用面積m2)*N（總瓶數）。
由于圓瓶子之間互相錯開擠齊，因此實際占用面積可減少，大致可乘上一個系數0.9。
再查一下設備的冷凝器結冰量是否符合要求，如果符合即可選定。
有時計算的面積與實際型號的面積不*相同，那未可選擇接近的型號。凍干箱板層間距離同樣根據盤裝或瓶裝不同來確定。盤子的高度一般為40-50mm，再加上50mm的空隙，可選為100mm瓶裝則需根據瓶高來確定，大致為瓶子高度加30mm的空隙。
有時實驗室凍干機需要在不同時間使用不同高度的容器，則可以選用板層距離可調型的設備。這種設備可以很方便地把二層板層合并為一層，使板層的距離比原來增大一倍。
